我院眼底病科成立于2001年，是我院的重点专科，目前科室在岗职工32人，其中正高级职称2人、副高级职称5人、具博士学位人员1人，硕士学位6人。在学科带头人王东林教授带领下，科室医教研各方面快速发展，学科影响力不断提升。

斜视与小儿眼科是明水眼科的重点专科，是济南儿童眼病医院、针对斜视、弱视、屈光不正、后巩膜收缩术、各种器质性儿童眼病的视力训练及康复，视疲劳、调节集合障碍等眼视光相关疾病，特殊性斜视、难治性弱视等各种疑难疾病有着丰富的诊疗经验；同时作为章丘区儿童青少年近视防控中心，承担着章丘区中小学生近视综合防治社会公益项目、负责全区内眼科医生及社区、乡镇、学校基层医生眼视光学技术培训。为儿童青少年视力低下、视功能异常、老视和低视力群体提供与国际接轨的个性化医学视光诊断、矫治、保健、康复等高水平服务。

全国角膜移植质量控制联盟成员。对各种类型干眼症、翼状餐肉、角结膜肿物、溢泪、复杂感染性、非感染性角膜炎、角膜变性、眼部烧烫伤、睑球粘连、大泡性角膜病变、泪道疾病的诊疗及手术方面有丰富的临床经验。角膜移植手术可开展板层角膜移植术、穿透性角膜移植术、角膜内皮移植术、角膜干细胞移植术、角膜移植联合白内障手术、角膜移植联合玻璃体切割术，是山东省内较早开展角膜移植的医院，也是省内开展角膜内皮移植技术的医院。在新鲜及陈旧性眼部化学伤及烧伤的治疗中，成功开展羊膜移植、唇黏膜移植及眼睑重建手术。

青光眼白内障科是我院重点专科，科室团队在各类青光眼的诊断和治疗方面具有丰富的经验，在青光眼发病机制、适合我国国情的青光眼治疗模式、青光眼视神经保护及再生与新技术等方面进行了深入研究。拥有先进的青光眼诊疗仪器，可对青光眼相关各项生理指标进行客观、定量的测量，特别是正常眼压性青光眼、各类青光眼早期提供了较好的诊断依据。

眼外伤与眼眶病学组负责全院的眼外伤与眼眶专业的诊断和治疗工作，整合全院各专业之优势，打造从前到后眼外伤的全眼修复。开展的手术有复杂眼睑裂伤缝合及整形术、眼球破裂伤修复术、泪小管吻合术、深层异物取出术、角膜巩膜缝合术、外伤性白内障摘除及人工品体植入术、睫状体复位术、微创玻璃体切割术、眼眶壁骨折修复术、人工折叠玻璃体球囊植入术等。丰富的眼眶病的诊疗经验，系统治疗甲状腺相关眼病、眼眶炎性假瘤、眼眶肿物等，开展眼眶骨性减压术，眼眶内肿物切除术等。本学组学术带头人是颜世广主任，颜主任带领的外伤团队，具有较强的理论和技术水平，临床经验丰富。

中医眼科开展运用中药内服、外用，针刺、眼部灸疗、穴位注射、耳尖放血、耳穴压豆、揿针埋针、眼周穴位按摩等传统中医治疗手段通过疏通经络、改善眼部的气血循环治疗各种眼病。

济南明水眼科医院耳鼻喉科成立于2011年，是基于鼻内镜鼻眼相关外科技术创建的临床拓展专业科室，随后挂牌成立章丘区耳鼻喉医院。为促进专业发展，医院引进全套高端进口诊疗设备，全力打造在区域行业内具有明显领先优势的耳鼻喉科诊疗平台。科室以内镜微创技术为依托，成功开展了鼻内镜下鼻腔泪囊吻合术、眶壁骨折整复术、视神经减压术等鼻眼相关手术，以及鼻内镜下鼻腔鼻窦手术、耳显微、耳内镜下耳科手术、内镜下扁桃体、腺样体低温等离子手术、支撑喉镜手术等系列耳鼻喉微创手术。